Un pago por más de 4 millones de dólares en bonificaciones, seguros de vida y otros beneficios, además de una transferencia por más de 9 millones de dólares a cuentas en Miami son varias de las irregularidades detectadas en la universidad. Tras un examen especial realizado por la Contraloría al período comprendido entre 1 de enero de 2009 al 31 de diciembre de 2015, el organismo concluyó que existen “valores que no debieron ser asumidos con recursos públicos”. Durante este periodo, el historiador Enrique Ayala Mora ejerció como rector y docente, quien justificó que los desembolsos se realizaron porque la universidad es una institución de derecho público internacional, que se ampara en el convenio que suscribió el Estado ecuatoriano en 1992 -modificado en 1998- que le “reconoció privilegios e inmunidades de organismo internacional”.